Kun pakanuuden ajat menivät, kun kristinuskoa ei enää vainottu ja se tunnustettiin maailmanuskonnoksi, näytti siltä, että kaikki erimielisyydet pitäisi ratkaista. Mutta joskus vain ekumeeniset neuvostot pystyivät ratkaisemaan esiin nousevia konflikteja, kumoamaan harhaoppiset opetukset - rauhaa ei ollut edes kirkon sisällä.
Ensimmäinen ekumeeninen kirkolliskokous oli Nikean kirkolliskokous, joka kutsuttiin koolle vuonna 325. Syynä tähän oli Aleksandrian presbyteri Ariuksen laajalle levinnyt opetus. Sen ydin oli Isän Jumalan ja Pojan Jumalan välisen identiteetin kieltäminen. Hän väitti, että Herra loi Jeesuksen Kristuksen, mutta hän ei ole hänen inkarnaationsa. Tällainen ajatus kumosi pohjimmiltaan kaikki kristinuskon dogmit, ja siksi paikallisneuvosto hylkäsi alun perin Ariuksen opetuksen. Ylpeä presbyter kieltäytyi kuitenkin tunnustamasta neuvoston päätöstä lailliseksi ja jatkoi uskollisten voittamista.
Sitten keisari Konstantinus kutsui piispoja kaikki alta maailmasta ekumeeniseen neuvostoon pienessä Nikean kaupungissa (nykyään nimeltä Iznik ja joka sijaitsee modernin Turkin alueella). Jotkut läsnä olevista kirkon edustajista kantoivat ruumiissaan kidutuksen jälkiä,saatu tosi kristinuskon nimessä. Paikalla oli myös Ariusta tukevia piispoja.
Keskustelu kesti yli kaksi kuukautta. Tänä aikana käytiin monia keskusteluja, filosofien puheita, teologisten muotoilujen selvennyksiä. Kuten legenda kertoo, jumalallisen ihmeen ilmentyminen lopetti riitelyn. Kolmen periaatteen yhtenäisuutena hän antoi esimerkin saven sirpaleesta: vesi, tuli, savi muodostavat yhden kokonaisuuden. Samoin Pyhä Kolminaisuus on pohjimmiltaan yksi Jumala. Hänen puheensa jälkeen sirpaleesta ilmestyi tulta, vettä ja savea muodostui. Tällaisen ihmeen jälkeen Nikean kirkolliskokous lopulta hylkäsi Ariuksen väärän opetuksen, erotti hänet kirkosta, hyväksyi uskontunnustuksen ja vahvisti 20 kirkon kurin sääntöä, päätti pääsiäisen vieton päivämäärän.
Mutta tämä kirkkoneuvosto ei ole tehnyt loppua tälle asialle. Kiista jatkui hyvin pitkään. Vielä nytkin heidän kaikunsa kuullaan - arianismi muodosti perustan Jehovan todistajien opetuksiin.
Vuoden 325 kirkolliskokouksen lisäksi pidettiin myös Nikean toinen kirkolliskokous, jonka kutsui koolle Konstantinopolin keisarinna Irene vuonna 787. Sen tarkoituksena oli poistaa tuolloin olemassa ollut ikonoklasmi. Itse asiassa keisarinna yritti kaksi kertaa kutsua koolle ekumeenisen neuvoston. Mutta vuonna 786 ikonoklasteja tukevat vartijat tunkeutuivat Pyhän Apostolien temppeliin Konstantinopolissa, missä neuvosto aloitti työnsä. Pyhät isät joutuivat hajottamaan.
Irina turvautui huomattaviin temppuihin, hajotti vanhan kaartin ja värväsi uusia joukkoja, mutta kutsui katedraalin koolle787, mutta siirsi sen Konstantinopolista Nikeaan. Hänen työnsä kesti kuukauden, jonka tulosten jälkeen ikonien kunnioitus palautettiin, ne sallittiin kirkoissa.
Kuitenkin tämäkään Nikean kirkolliskokous ei täysin saavuttanut tavoitettaan. Ikonoklasmi oli edelleen olemassa. Ikonoklastiliike kukistettiin lopulta vasta vuonna 843, Konstantinopolin kirkolliskokouksessa.